W 1915 r. uzyskał tytuł magistra farmacji, który był równoważny z doktoratem w innych krajach. W latach 1915–1920 zarządzał plantacją i stacją aklimatyzacyjną w Suchumi, gdzie prowadził badania nad produkcją kamfory i olejków. Po powrocie do Polski zorganizował w 1921 r. Oddział Farmacji na Uniwersytecie w Wilnie, a 2 lata później został profesorem. Brał udział w przygotowaniu reformy studiów farmaceutycznych oraz był współautorem „Farmakopei Polskiej” z 1937 r. W czasie okupacji prowadził tajne nauczanie i służył jako sanitariusz w powstaniu warszawskim.
Po wojnie trafił do Łodzi, gdzie zorganizował wydział farmacji na UŁ i został dziekanem. Zorganizował także Katedrę Farmakognozji i Uprawy Roślin Leczniczych oraz ogród botaniczny. Brał udział w pracach PAN i był pierwszym prezesem Polskiego Towarzystwa Farmakologicznego. Prof. Jan Muszyński jest autorem wielu publikacji naukowych, kilku podręczników akademickich i licznych artykułów na temat ziołolecznictwa… Zmarł w Łodzi i został pochowany na cmentarzu na Radogoszczu. Jego imieniem nazwano ulicę przy Wydziale Farmacji UMed, gdzie stoi jego pomnik. Prof. Muszyński jest również patronem łódzkiego Muzeum Farmacji.
